Ferryhopper accepteert de meeste gangbare creditcards en betaalpassen: VISA, MasterCard, American Express, Visa Electron en Maestro. AMEX wordt alleen geaccepteerd voor klanten in de VS en Canada. Diners en Discover worden niet geaccepteerd. Het is ook mogelijk om te betalen met Apple Pay en Google Pay.
Soms verschijnen de Klarna- en PayPal-logo's op het afrekenscherm. Als deze logo's niet zichtbaar zijn, worden die betaalwijzen voor deze specifieke bestelling niet ondersteund.